Le risque infectieux aprés une endoscopie digestive est exceptionnelle. Les principaux actes à risque sont la CPRE pour les infections systémiques et la GPE avec infections locales.
La prévention de l'endocardite par un antibioprohylaxie adaptée a permis de maitriser cette complication. la transmission des virus hématogènes par un endoscope n'a jamais été démontré.
L'ordre de passage n'a aucun du fait de l'application des précautions standards.